Nas temporadas de 2007/08 e 2008/09, Miguel Cardoso trabalhou no histórico clube português Académica de Coimbra, como treinador adjunto de Domingos Paciência.
A Académica cumpriu, nas duas temporadas, o objetivo traçado de garantir a manutenção no principal campeonato português, com um 12.º lugar na primeira temporada e um 7.º posto, bem perto dos lugares de acesso às competições europeias, no ano seguinte.
