Na temporada 2016/17, a convite do clube, Miguel Cardoso juntou-se à equipa técnica de Paulo Fonseca, recentemente chegado ao Shakhtar Donetsk, para trabalhar como treinador-adjunto.
Os anos que levava de experiência e conhecimento do clube pelo excelente trabalho realizado quer na equipa B, quer na formação, formaram um precioso contributo para que a equipa do Shakhtar Donetsk tivesse mais um ano de sucesso, com a conquista do campeonato e da Taça da Ucrânia.
