Entre 2013 e 2016, Miguel Cardoso assumiu o cargo de Coordenador da Formação do Shakhtar Donetsk, uma das equipas de maior prestígio na Ucrânia e dominador do futebol local no século XXI. Paralelamente, foi treinador da equipa B do clube.
Trabalhou inicialmente na cidade de Donetsk, antes do início da guerra que obrigou o clube a mudar-se para a capital Kiev. Apesar destas condições difíceis, a formação do Shakhtar continuou a produzir talentos para a equipa principal e o futebol ucraniano e teve êxitos como a presença na final da segunda edição da UEFA Youth League, em 2015, durante o período em que Miguel Cardoso foi coordenador.
