Na temporada 2006/07, Miguel Cardoso acompanhou Carlos Carvalhal no Sporting de Braga, trabalhando como preparador físico. Aquando da saída do técnico principal, integrou a estrutura da formação bracarense, regressando à equipa principal quando Jorge Costa assume a equipa. Nesse ano, o Sporting de Braga termina o campeonato no 4.º lugar, chega às meias-finais da Taça de Portugal e aos oitavos de final da Taça UEFA, eliminando equipas como o Chievo Verona e o Parma.
