Na segunda passagem pelo SC Braga, Miguel Cardoso integrou como treinador adjunto a equipa técnica de Domingos Paciência, ajudando a alcançar alguns dos maiores feitos da história do clube: melhor classificação de sempre no campeonato (2.º lugar em 2009/10); primeira final de uma competição europeia (Liga Europa, em 2010/11); primeira participação na Liga dos Campeões (2010/11), depois de eliminar Celtic de Glasgow e Sevilha nas duas eliminatórias de apuramento para a fase de grupos.
